平成２３年４月１日の水俣市中学校再編成に伴い、旧水俣第二中学校と旧水俣第三中学校の大部分が本校の校区となった。南北に長く延びた校区であるが、遠距離通学（６ｋｍ以上）の生徒はいない。行政区は旧二中校区（２区、３区、４区、１９区）と旧三中校区（５区、２０区、２１区）からなる。
　校区内は工業用地、商用地が多く、JNC水俣工場をはじめ、生協くまもと、トヨタ等の事業所、商店街が連なる。
また、校区の中央を横断するように国道が通り、学校前を幹線道路が通るなど交通量の多いところである。
　さらに、校区内にはエコパークや塩浜グラウンド、市立図書館、市立武道館等の文教施設を有するとともに、蘇峰生家等の文化財も点在する。

平成２１年度「学校版環境ＩＳＯコンクール」の取組.pdf

平成２３年　２月　４日　水俣市中学校合同閉校式

平成２３年　２月１２日　水俣市立水俣第三中学校閉校式

平成２３年　２月２６日　水俣市立水俣第二中学校閉校式

平成２３年　３月３１日　水俣市立中学校７校閉校

平成２３年　４月　１日　水俣市立水俣第二中学校開校

平成２３年　４月　１日　コミュニティ・スクール指定

平成２３年　４月１１日　水俣市立水俣第二中学校開校式

平成２３年　６月２８日　自転車小屋完成

平成２３年　９月１５日　グラウンド改修工事完成

平成２４年１２月　２日　熊本県こどもエコクラブ壁新聞展　優秀賞受賞

平成２５年　１月３１日　熊本県学校版環境ＩＳＯコンクール　最優秀賞受賞

平成２５年　２月　１日　環境美化教育等優良校表彰事業　最優秀賞受賞

平成２５年　２月２３日　学校自慢エコ大賞　エコ活動部門優秀賞受賞

平成２５年　３月　１日　コミュニティ・スクール発足

平成２５年１０月１６日　体力向上優良校

平成２５年１１月１２日　ソロプチミスト日本財団　学生ボランティア賞受賞

平成２５年１２月１５日　熊本県こどもエコクラブ壁新聞展　最優秀賞受賞

平成２６年　４月～（２ヶ年指定）水俣市教育委員会指定学校図書館活用教育研究推進校

平成２６年　４月～（１ヶ年指定）地域を活用した学校まるごと子供の体力向上推進事業指定

平成２６年１０月１６日　体力向上優良校

平成２６年１２月２１日　熊本県こどもエコクラブ壁新聞展　最優秀賞受賞

平成２７年　１月２７日　熊本県学校版環境ＩＳＯコンクール　最優秀賞受賞

　　　　　　　　　　　　学校版環境ＩＳＯ.pdf

平成２７年　４月　１日　学校運営協議会設置校再指定

平成２７年１０月２２日　体力向上優良校

平成２８年　１月２２日　水俣市教育委員会指定学校図書館活用教育研究推進校研究発表会

平成２８年　１月２４日　熊本県こどもエコクラブ壁新聞展　最優秀賞受賞

平成２８年　３月２０日　こどもエコクラブ全国フェスティバル2016 壁新聞特別賞受賞　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

平成２８年　８月２５日　図書室エアコン設置　

平成２９年　１月２１日　熊本県こどもエコクラブ壁新聞展　優秀賞受賞及び県代表作品認定

　　　　　　　　　　　　環境壁新聞2018.jpg

平成２９年　４月　１日　学校運営協議会設置校再指定

平成２９年　７月２０日　生徒用トイレ改修

平成３０年　１月２４日　熊本県こどもエコクラブ壁新聞展優秀賞受賞

　　　　　　　　　　　　環境壁新聞2019.jpg

平成３０年　９月　１日　「認知症になっても安心して暮らせるまちづくり」功労者県知事賞受賞　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

令和　元年１１月１５日　全国小中学校ＰＴＡ文部科学大臣表彰受賞　

令和　３年　４月　９日　一人一台タブレット端末の運用開始

令和　４年　２月２８日　学校情報化優良校認定

令和　４年１１月１１日　熊本県中学校駅伝競走大会　男子６位入賞

令和　５年１１月１０日　熊本県中学校駅伝競走大会　男子５位入賞（２年連続入賞）

令和　６年　４月　１日　熊本県教育委員会指定「学校体育研究推進校」

令和　６年１０月２６日　第６９回日本ＰＴＡ九州ブロック研究大会長崎大会第４分科会提言

　　　　　　　　　　　　提言者：田中裕二ＰＴＡ会長・畑口益喜校長

令和　６年１０月３１日　体育館屋根工事完工

令和　６年１１月　８日　熊本県中学校駅伝競走大会　男子５位入賞（３年連続入賞）

　　　　　　　　　　　　１区区間賞　野口琉大選手（8分45秒）　５区区間賞　津々木大護選手（9分24秒）