高森東中学校は阿蘇外輪山の東部の　標高８００ｍという高地に位置しています。ちょうど、熊本県と大分県と宮崎県の３県の県境にあります。
・ 夏は大変涼しいのですが、冬の寒さは大変厳しいところです。豊かな阿蘇の自然に囲まれています。
　

・　高森東小学校と運動場を共有する形で隣接しています。
・ 高森町には、本校と高森中学校の二つの中学校があります。本校区の面積は１３４平方キロメートルで高森町の７５％を占めています。
・ 全校生徒が１６人（1年生６人、２年生３人、３年生７人）という小規模校です。　校区が広いため、高森東小学校の児童とともに、５台のスクールバスで通学しています。 
・　開校以来、環境教育に取り組んできました。地元のひめゆりECO菌を使った環境浄化活動に取り組んできました。
・ 平成２２年度から２３年度にかけ、熊本県教育委員会指定・熊本県学校給食会委嘱の「学校給食・食育推進校」の指定を受け、研究を進めてきました。
・平成24年11月、第63回全国学校給食研究協議大会（大分県大分市）で「学校給食優良学校等」（全国３０校）として、文部科学省より表彰を受けました。

　
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