平成２３年４月１日の水俣市中学校再編成に伴い、旧水俣第二中学校と旧水俣第三中学校の大部分が本校の校区となった。南北に長く延びた校区であるが、遠距離通学（６ｋｍ以上）の生徒はいない。行政区は旧二中校区（２区、３区、４区、１９区）と旧三中校区（５区、２０区、２１区）からなる。
　校区内は工業用地、商用地が多く、JNC水俣工場をはじめ、生協くまもと、トヨタ等の事業所、商店街が連なる。
また、校区の中央を横断するように国道が通り、学校前を幹線道路が通るなど交通量の多いところである。
　さらに、校区内にはエコパークや塩浜グラウンド、市立図書館、市立武道館等の文教施設を有するとともに、蘇峰生家等の文化財も点在する。

平成２３年　２月　４日　水俣市中学校合同閉校式

平成２３年　２月１２日　水俣市立水俣第三中学校閉校式

平成２３年　２月２６日　水俣市立水俣第二中学校閉校式

平成２３年　３月３１日　水俣市立中学校７校閉校

平成２３年　４月　１日　水俣市立水俣第二中学校開校

平成２３年　４月　１日　コミュニティ・スクール指定

平成２３年　４月１１日　水俣市立水俣第二中学校開校式

平成２３年　６月２８日　自転車小屋完成

平成２３年　９月１５日　グラウンド改修工事完成

平成２４年１２月　２日　熊本県こどもエコクラブ壁新聞展　優秀賞受賞

平成２５年　１月３１日　熊本県学校版環境ＩＳＯコンクール　最優秀賞受賞

平成２５年　２月　１日　環境美化教育等優良校表彰事業　最優秀賞受賞

平成２５年　２月２３日　学校自慢エコ大賞　エコ活動部門優秀賞受賞

平成２５年　３月　１日　コミュニティ・スクール発足

平成２５年１０月１６日　体力向上優良校

平成２５年１１月１２日　ソロプチミスト日本財団　学生ボランティア賞受賞

平成２５年１２月１５日　熊本県こどもエコクラブ壁新聞展　最優秀賞受賞

平成２６年　４月～（２ヶ年指定）水俣市教育委員会指定学校図書館活用教育研究推進校

平成２６年　４月～（１ヶ年指定）地域を活用した学校まるごと子供の体力向上推進事業指定

平成２６年１０月１６日　体力向上優良校

平成２６年１２月２１日　熊本県こどもエコクラブ壁新聞展　最優秀賞受賞

平成２７年　１月２７日　熊本県学校版環境ＩＳＯコンクール　最優秀賞受賞

平成２７年　４月　１日　学校運営協議会設置校再指定

平成２７年１０月２２日　体力向上優良校

平成２８年　１月２２日　水俣市教育委員会指定学校図書館活用教育研究推進校研究発表会

平成２８年　１月２４日　熊本県こどもエコクラブ壁新聞展　最優秀賞受賞

平成２８年　３月２０日　こどもエコクラブ全国フェスティバル2016 壁新聞特別賞受賞　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

平成２８年　８月２５日　図書室エアコン設置　

平成２９年　１月２１日　熊本県こどもエコクラブ壁新聞展　優秀賞受賞及び県代表作品認定

平成２９年　４月　１日　学校運営協議会設置校再指定

平成２９年　７月２０日　生徒用トイレ改修

平成３０年　１月２４日　熊本県こどもエコクラブ壁新聞展優秀賞受賞

平成３０年　９月　１日　「認知症になっても安心して暮らせるまちづくり」功労者県知事賞受賞　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

令和　元年１１月１５日　全国小中学校ＰＴＡ文部科学大臣表彰受賞　

令和　３年　４月　９日　一人一台タブレット端末の運用開始

令和　４年　２月２８日　学校情報化優良校認定

令和　４年１１月１１日　熊本県中学校駅伝競走大会　男子６位入賞

令和　５年１１月１０日　熊本県中学校駅伝競走大会　男子５位入賞

令和　６年　４月　１日　熊本県